本病主要应与尿道综合征肾结核、肾小球疾病、前列腺炎尿路结石、腹部器官炎症等鉴别。

　　(１)腹部器官炎症：有些尿路真菌感染病例主要表现为腹痛恶心、呕吐、发热血白细胞数增高，易误诊为急性胃肠炎、阑尾炎附件炎等，若能及时查尿，易于鉴别

　　(２)尿道综合征：在有尿道症状的妇女中约70%的患者有脓尿和细菌尿，为真性尿路感染，而另外30%的患者不是真正的尿路感染，而属于尿道综合征。这类病例在临床上常常容易被误诊为尿路感染

　　(３)尿路真菌感染还应与肾结核肾小球肾炎、前列腺炎等疾病鉴别


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